百将行战役系统是一个非常重要的玩法，共分为普通战役和精英战役，普通战役中又细分为很多的剧情章节，玩家每三星通关一章，才会开启这一章的精英玩法，并且普通战役和精英战役掉落的物品和奖励有所不同，玩家们平时需要多多刷这些战役才能获得足够的资源。
战役系统分为普通战役、精英战役。完成了普通战役后，会开启精英战役。精英战役有机会获得武将碎片、高级武器碎片等。普通战役可以查看到该关卡的敌方阵容、可能获得道具材料。每次挑战需要花费6点体力，3星通关后可以进行扫荡、十连扫荡的操作。
精英战役每日可以挑战3次，在挑战战役界面可以查看到该关卡的敌方阵容、可能获得道具材料。每次挑战需要花费12点体力，3星通关后可以进行扫荡、三连扫荡的操作。